目前還沒有根治B型肝炎的治療方法，現在的口服B型肝炎藥物只能抑制病毒的複製，還沒辦法完全清除cccDNA。感染B型肝炎病毒後，B型肝炎病毒會進入肝細胞內形成具複製能力的共價閉合環狀DNA（cccDNA）。與大部分病毒不同的是，B肝病毒平時就啟動複製模板cccDNA，進而產生含有B肝病毒表面抗原（HBsAg）的病毒顆粒及亞病毒顆粒（subviral particle），以減緩或躲避宿主免疫反應。人體的免疫系統啟動也沒辦法清除B型肝炎病毒，反覆發炎的結果，可能演變成肝臟纖維化或肝硬化，甚至產生肝癌。

因此，根據B型肝炎病毒的生活史，許多新的治療策略正在積極研發中。從病毒感染過程、病毒組裝過程、病毒核酸複製過程、病毒基因表現過程等等，來阻斷病毒的複製。另外，提升人體的免疫能力，與干擾素作用類似，例如免疫療法、治療性疫苗等。未來B型肝炎的治療可能會走向合併治療，即同時結合不同的機轉，以提高B型肝炎病毒根除的機會。