萎縮性胃炎最多為幽門螺旋桿菌萎縮性胃炎，即由幽門螺旋桿菌感染後多年慢性化後產生的，其次為自體免疫疾病。有一些族群找不到幽門螺旋桿菌感染和治療的證據及病史。日本估計有10～20 %病理胃炎屬於此，主要為：(1)在某個時間用抗生素治療某感染，同時服用制酸藥物或處於低胃酸狀態而不經意清除了幽門螺旋桿菌；(2)有治療病史但未告知；(3)自動消失，可能在重度萎縮性胃炎併無胃酸狀態。第3群病人未來胃癌的發生率反而最高。這些都應認定與幽門螺旋桿菌相關。

有些研究認為膽汁逆流、高鹽飲食和老化也與少數萎縮性胃炎有關。幽門螺旋桿菌和胃癌高盛行地區，及早檢查幽門螺旋桿菌並清除才是預防萎縮性胃炎之道。

全世界自體免疫性萎縮性胃炎平均發生率0.5～2.0%，與併發其他自體免疫疾病和年齡有關，特別是自體免疫性甲狀腺疾病、愛迪生病（Addison's disease）和第一型糖尿病患者。惡性貧血患者多為後期重度自體免疫性萎縮性胃炎。特定自體免疫疾病、維他命B12 缺乏、巨細胞和缺鐵性貧血者，宜檢查是否有自體免疫性萎縮性胃炎。