「甲型胎兒蛋白」至今仍是偵測肝癌最普遍也具有相當不錯效益的血清腫瘤標記，其敏感度及特異性皆不錯，但在直徑小於3公分的小型肝癌患者，大約有1/3其甲型胎兒蛋白值是正常的，就算是大型肝癌，也有約10%的患者甲型胎兒蛋白值沒有異常升高。

「異常凝血酶原」（PIVKA-II）是另一項被用來偵測肝癌的腫瘤標記，因為正常人的血液中是不存在異常凝血?原的，但在惡性肝腫瘤患者體內，其濃度會異常升高。

「異常凝血酶原」對肝癌偵測的敏感度及特異性是否比甲型胎兒蛋白好，並無定論，且其費用較貴，故健保遲至2020年9月才開始有條件給付。目前大多是在高度懷疑肝腫瘤是肝癌而血清甲型胎兒蛋白值正常時，加驗「異常凝血酶原」，若異常升高則可強化肝癌之確診。