甲種胎兒蛋白檢查雖然是抽血篩檢肝癌常見的檢查項目，但若數值異常，卻不見得就是罹患肝癌。醫界認為，肝細胞癌確實可能使甲種胎兒蛋白上升，但並非絕對，因此若懷疑肝細胞有往惡性發展的機會，但超音波仍看不到實質的腫瘤時，會進一步做影像學確認，並密切追蹤。

甲種胎兒蛋白是一種由胎兒肝臟所分泌的醣蛋白，與胚胎時期的生殖系統有關。通常女性若懷孕時，因為胎兒的關係，抽血檢測時會比一般人高，但產後就會下降到正常範圍。此外，有些疾病可能也會使甲種胎兒蛋白數值升高，例如急性肝炎、兒童的肝母細胞瘤、生殖細胞瘤，或者是畸胎瘤等，都可能造成指數的異常。