有不少人擔心做腸胃鏡會很不舒服，原因在於胃鏡通過喉嚨時所引發的反射，會有噁心想吐的感覺，檢查時也會有明顯的異物感；而腸鏡檢查時，會同時打一些氣體去撐開腸道，讓醫師看清楚，一般所需時間約15〜20分鐘，若需要處置（如息肉切除），時間會再更長，後續的腹脹等不適感會更明顯。這些不舒服的經驗都可能讓病人檢查半途而廢，甚至讓人卻步不敢檢查，延誤了診治的時間。

麻醉簡單而言，可以讓病患在受檢時「睡著」，不會感受到檢查的疼痛和不適，忘記對於檢查的恐懼，讓檢查順利執行，胃鏡和腸鏡也可以一起做，提高受檢完成度，對病患來說，就好像舒服地睡了一覺之後，就完成檢查了。