當完成除菌治療，需先等停藥至少4周以後，再利用碳13尿素呼氣法確認細菌是否根除。患者將含有碳13同位素尿素的飲料喝入胃內，若有幽門螺旋桿菌存在，因為喝下的尿素會被幽門螺旋桿菌轉變成氨及二氧化碳，利用分析呼出氣體的碳13含量的比例，便能得知是否有幽門螺旋桿菌的存在。

需間隔數周做檢測，是為了要排除「偽陰性」的可能性。因為大部分的治療不管是否完全根除，細菌數量都會降低，細菌量降到一個程度，若檢測方法的敏感度不夠就檢測不出來。而停藥4周後，殘留的細菌會重新生長到可檢出的數量，這時候的檢測會比較正確。

影響治療效果的因素很多，依照影響的大小，依序為：（1）病患服藥的順從性；（2）抗生素抗藥性的問題；（3）服藥期間，胃內酸度的高低；（4）其他等。有一定比例的患者在服用藥物治療期間會出現輕度到中度和藥物相關的副作用，包括噁心、味覺不佳、頭暈、腹部不適、腹瀉等現象，容易導致自行停藥。醫師在給予病患除菌治療時，應同時給予良好的衛教，以提高患者對藥物的順從性、減少沒有規律服藥的問題。

接受幽門螺旋桿菌除菌治療成功之後，再得到感染的機率約只有千分之一。得到再感染者大多是處在衛生條件不佳的環境， 如常常到衛生條件較差的國家經商或旅遊。另外，同住一起的家庭成員也可考慮接受篩檢，以降低新感染或除菌後再感染的風險。