要根除肝癌常見的方式包括電燒、手術切除、移植等，醫師會依據腫瘤大小、位置、病患身體狀況等因素綜合評估，決定最佳的治療策略。

在早期沒有電燒的時代，只能以手術切除，目前較小顆3公分以下的肝癌可施以電燒。但電燒有些限制，像是較邊緣部位、會移動的部位（例如位於肝臟的左外側小葉，會隨呼吸動得厲害）或是較大顆的腫瘤都不合適施以電燒治療。

以存活率來說，手術切術與電燒差不多；以復發率來說，電燒稍高於手術切除，若電燒後復發，仍有其他方式可處理。

手術切除是肝癌治療的首選，在進行手術切除前需要評估以下條件：腫瘤大小、數目、位置及殘餘肝功能，由於肝癌患者常伴隨有B型肝炎、C型肝炎或肝硬化，若肝功能不好，經手術切除腫瘤後，會影響肝臟的正常生理機能，就需要採用其他治療方式。

由於手術需要全身麻醉，因此病患的心肺功能是否良好、是否足以承受手術及麻醉的風險也是評估的重點。

有民眾認為動手術後癌細胞比較容易擴散，其實是錯誤的觀念。國內肝癌手術技術純熟，經驗也豐富，如今也有許多方法能提升手術精準度，病人可以放心接受手術治療。